As variações das bactérias heterotróficas planctônicas em águas tropicais, em esca­las de tempo de meses a anos, são pouco conhecidas. Neste estudo, a abundância de bactérias, a atividade metabólica, e parâmetros químicos foram medidos semanalmente em dois pontos es­tratégicos na Baía de Guanabra (Brasil), entre julho de 1998 e setembro de 1999. Os locais de coleta representam o melhor (eutrófico) e o pior (hipereutrófico) panoramas de qualidade de água na baía. No ponto eutrófico foi observado um estreito acoplamento entre densidade bacteriana (9.44 10⁵ cell mL^-¹) e atividade metabólica (1.95 ?gC L^-¹ h^-¹), onde processos do tipo "bottom-up" controlam as populações do bacterioplâncton. O incremento na abundância bacteriana foi devido à células ativas, sendo identificada correlação das bactérias com o fitoplancton. No ponto hipertrófico, abundância e atividade bacteriana foram em geral uma ordem de magnitude superi­or, entretanto não se correlacionaram indicando controle das populações bacterianas to tipo "top-­down", A reciclagem de fósforo e nitrogênio foi medida durante a mistura estuarina, sendo obser­vadas correlações com as bactérias. As diferenças na qualidade de água entre os locais eutrófico e hipereutrófico, associadas à predação, salinidade e a outros fatores de inativação, podem expli­car os padrões de abundância e atividade bacteriana encontrados ao longo do estuário.